27日，科技部網站公布修訂后的《國家重點研發計劃資金管理辦法》(以下簡稱《辦法》)。《辦法》提到，重點研發計劃應當多元化籌措資金，資金來源分為中央財政資金和其他來源資金，其他來源資金包括地方財政資金、單位自籌資金、金融資本以及其他社會資金。
《辦法》主要規范中央財政安排的采用前補助支持方式的重點研發計劃資金管理和使用，具體內容包括總則、重點專項概預算管理、項目資金開支范圍、項目預算編制與審批、項目預算執行與調劑、項目綜合績效評價、監督檢查以及附則。
這份由財政部、科技部聯合印發的文件明確，重點研發計劃按照重點專項、項目分層次管理。重點專項是重點研發計劃組織實施的載體，項目是重點專項實施的基本單元，可根據需要下設一定數量的課題。重點專項實行概預算管理，項目實行預算管理。
與此同時，重點研發計劃資金實行分級管理、分級負責。財政部建立重點研發計劃中央財政資金全過程審核把關和管理機制，負責重點專項概預算管理；科技部統籌相關重點專項任務布局與資源配置，負責重點專項資金的監督評估、動態調整和總體驗收評價等工作；主責單位對其負責組織實施的重點專項資金管理負總責，委托并指導專業機構做好項目資金分配、撥付、過程監管等具體管理工作，并對專業機構、承擔單位(包括項目承擔單位、課題承擔單位和課題參與單位，下同)開展資金管理和使用的監督工作。
依據《辦法》，中央財政資金應聚焦重點專項關鍵研發任務，重點支持市場機制不能有效配置資源的公共科技活動，避免財政資金安排分散重復。對于以科技成果產品化、工程化、產業化為目標任務，并且具有量化考核指標的項目，原則上應當采取后補助方式予以支持。
重點專項項目資金由直接費用和間接費用組成。《辦法》強調，間接費用由承擔單位統籌安排使用。承擔單位可將間接費用全部用于績效支出，并向創新績效突出的團隊和個人傾斜。
值得關注的是，重點研發計劃可根據項目特點，采取經費包干制管理方式，由主責單位在項目申報指南中明確。實行經費包干制的項目，項目申報單位應當本著科學、合理、規范、有效的原則申請資助額度，無需編制具體項目預算。
《辦法》要求，承擔單位應當全面落實科研財務助理制度。每個課題應配有相對固定的科研財務助理，其應為科研人員編制和調劑項目預算、報銷經費、開展項目綜合績效評價等提供專業化服務。
關于項目綜合績效評價，《辦法》明確，創新能力和潛力突出、創新績效顯著、科研誠信狀況良好的承擔單位按程序認定后，可不再開展結題財務審計，其出具的項目資金決算報表，作為項目綜合績效評價的依據。承擔單位對決算報表內容的真實性、完整性、準確性負責，專業機構適時組織抽查。
《辦法》還提到，科技部、財政部、主責單位和專業機構應當根據職責和分工，建立健全覆蓋資金管理使用全過程的資金監督管理機制。同時，加強審計監督、財會監督與日常監督的貫通協調，增強監督合力；加強信息共享，避免交叉重復，減輕科研人員負擔。
國家重點研發計劃資金管理辦法
第一章 總 則
第一條 為規范國家重點研發計劃（以下簡稱重點研發計劃）資金管理和使用，提高資金使用效益，根據《中華人民共和國預算法》及其實施條例等國家有關財經法律制度以及中央財政科研經費管理有關政策要求，結合重點研發計劃管理工作實際，制定本辦法。
第二條 重點研發計劃應當多元化籌措資金，資金來源分為中央財政資金和其他來源資金，其他來源資金包括地方財政資金、單位自籌資金、金融資本以及其他社會資金。
中央財政資金支持方式包括前補助、后補助等，具體支持方式在項目申報指南中予以明確。
第三條 本辦法主要規范中央財政安排的采用前補助支持方式的重點研發計劃資金管理和使用，后補助支持方式的資金按照中央財政科技計劃后補助有關規定執行。從其他渠道獲得的資金應當按照國家有關財務制度和相關資金提供方的具體使用管理要求，統籌安排和使用。
第四條 重點研發計劃資金管理和使用遵循集中財力、突出重點、權責對等、遵循規律、講求績效的原則。
第五條 重點研發計劃按照重點專項、項目分層次管理。重點專項是重點研發計劃組織實施的載體，項目是重點專項實施的基本單元，可根據需要下設一定數量的課題。重點專項實行概預算管理，項目實行預算管理。
第六條 重點研發計劃資金實行分級管理、分級負責。
財政部建立重點研發計劃中央財政資金全過程審核把關和管理機制，負責重點專項概預算管理。
科技部統籌相關重點專項任務布局與資源配置，負責重點專項資金的監督評估、動態調整和總體驗收評價等工作。
主責單位對其負責組織實施的重點專項資金管理負總責，委托并指導專業機構做好項目資金分配、撥付、過程監管等具體管理工作，建立加強資金監督管理的工作機制，并對專業機構、承擔單位（包括項目承擔單位、課題承擔單位和課題參與單位，下同）開展資金管理和使用的監督工作。
專業機構受主責單位委托開展相關重點專項資金具體管理工作，對項目資金使用情況進行動態監管。
承擔單位是項目資金管理使用的責任主體，負責項目資金的日常管理和監督工作。
項目（課題）負責人是項目資金使用的直接責任人，對資金使用的合規性、合理性、真實性和相關性負責。
第七條 科技部、財政部、相關主管部門、主責單位等應加強對重點研發計劃相關財政資金的績效管理，強化績效目標管理，認真開展績效評價并加強評價結果應用。
第二章 重點專項概預算管理
第八條 重點專項概算是對實施周期內實施重點專項任務所需總費用的事前估算，是重點專項預算安排的重要依據。重點專項概算包括總概算和年度概算。
第九條 主責單位根據重點專項的目標和任務，依據專項實施方案和相關要求組織編制重點專項概算，報財政部、科技部。專業機構根據主責單位要求配合做好概算編報工作。
第十條 重點專項概算應當包括收入概算和支出概算，確保收支平衡。
重點專項收入概算包括中央財政資金概算和其他來源資金概算。主責單位在編制收入概算時，應當統籌考慮多元化資金來源，對中央財政資金和地方財政資金、單位自籌資金、金融資本以及其他社會資金等其他來源資金進行一體化配置。
重點專項支出概算包括支出總概算和年度支出概算。主責單位應當在充分論證、科學合理分解重點專項任務基礎上，綜合考慮任務相關性、配置適當性和經濟合理性等，按照任務級次和不同研發階段編列支出概算。
第十一條 科技部對概算與實施方案一致性進行審核。財政部、科技部委托相關機構對重點專項中央財政資金概算進行評估。根據評估結果，結合財力可能，財政部核定并向主責單位批復重點專項中央財政資金總概算和年度概算，抄送科技部、專業機構。
第十二條 中央財政資金總概算一般不予調整。重點專項任務目標發生重大變化等導致中央財政資金總概算確需調整或終止執行的，主責單位在履行相關任務調整審批程序后，報財政部審批?？偢潘悴蛔?，重點專項年度間重大任務調整等導致年度概算需要調整的，由主責單位提出申請，經科技部審核后，按程序報財政部審批。
第十三條 主責單位指導專業機構根據項目任務部署、組織實施進度、預算執行情況以及重點專項概算等，提出年度重點專項預算安排建議。專業機構對其負責管理的重點專項預算安排建議進行匯總后，按部門預算申報程序報財政部。無部門預算申報渠道的專業機構，通過科技部報送。
加強預算安排與任務實施進度銜接，在總概算和概算周期不變的前提下，重點專項任務部署完成后，年度預算安排可延后不超過2年。
第十四條 財政部結合科技部意見，在分年度概算限額內，結合財力可能等核定各重點專項年度預算，按照預算管理要求向專業機構下達重點專項中央財政資金預算（不到具體項目預算），并抄送科技部。專業機構應當同步向主責單位報告相關重點專項年度預算。
主責單位應當建立重點專項項目預算分配審核機制，對專項下設項目的資金額度、資金構成、支持方式等進行科學決策，加強與項目申報指南編制工作的銜接。中央財政資金應當聚焦重點專項關鍵研發任務，重點支持市場機制不能有效配置資源的公共科技活動，避免財政資金安排分散重復。對于以科技成果產品化、工程化、產業化為目標任務，并且具有量化考核指標的項目，原則上應當采取后補助方式予以支持。
第十五條 重點專項中央財政資金預算一般不予調劑，因概算變化等確需調劑的，由專業機構提出申請，按程序報財政部批準，并抄送科技部。
第十六條 在重點專項實施周期內，由于年度任務調整等導致專業機構當年未下達給項目承擔單位的資金，可以結轉下一年度繼續使用。由于重點專項因故終止等原因，專業機構尚未下達的資金，按規定上繳中央財政。
第十七條 主責單位會同專業機構按年度編制重點專項執行情況報告（含資金管理使用情況），于每年12月底前報送科技部；執行期5年及以上的重點專項，于專項實施中期年份報送中期執行情況報告（含資金管理使用情況）。
第十八條 重點專項執行期結束后，主責單位會同專業機構對重點專項實施情況（含資金管理使用情況）進行總結，于專項執行期結束6個月內形成總結報告報科技部。
科技部會同財政部組織開展重點專項總體驗收評價（含資金管理使用情況），重點專項總體驗收評價情況將作為專項滾動實施、新設專項遴選主責單位和專業機構等方面的重要參考。
第三章 項目資金開支范圍
第十九條 重點專項項目資金由直接費用和間接費用組成。
第二十條 直接費用是指在項目實施過程中發生的與之直接相關的費用。主要包括：
（一）設備費：是指在項目實施過程中購置或試制專用儀器設備，對現有儀器設備進行升級改造，以及租賃外單位儀器設備而發生的費用。計算類儀器設備和軟件工具可在設備費科目列支。應當嚴格控制設備購置，鼓勵開放共享、自主研制、租賃專用儀器設備以及對現有儀器設備進行升級改造，避免重復購置。
（二）業務費：是指在項目實施過程中消耗的各種材料、輔助材料等低值易耗品的采購、運輸、裝卸、整理等費用，發生的測試化驗加工、燃料動力、出版/文獻/信息傳播/知識產權事務、會議/差旅/國際合作交流等費用，以及其他相關支出。
（三）勞務費：是指在項目實施過程中支付給參與項目的研究生、博士后、訪問學者和項目聘用的研究人員、科研輔助人員等的勞務性費用，以及支付給臨時聘請的咨詢專家的費用等。
項目聘用人員勞務費開支標準，參照當地科學研究和技術服務業從業人員平均工資水平，根據其在項目研究中承擔的工作任務確定，其由單位繳納的社會保險補助、住房公積金等納入勞務費科目開支。
支付給臨時聘請的咨詢專家的費用，不得支付給參與本項目及所屬課題研究和管理的相關人員，其管理按照國家有關規定執行。
第二十一條 間接費用是指承擔單位在組織實施項目過程中發生的無法在直接費用中列支的相關費用。主要包括：承擔單位為項目研究提供的房屋占用，日常水、電、氣、暖等消耗，有關管理費用的補助支出，以及激勵科研人員的績效支出等。安排績效支出要合理合規、公開公平，符合國家事業單位績效工資有關管理制度規定。
第四章 項目預算編制與審批
第二十二條 重點專項項目預算由收入預算與支出預算構成。項目預算由課題預算匯總形成。
（一）收入預算包括中央財政資金和其他來源資金。對于其他來源資金，應當充分考慮各渠道的情況，并提供資金提供方的出資承諾，不得使用貨幣資金之外的資產或其他中央財政資金作為資金來源。
（二）支出預算應當按照資金開支范圍編列，并對各項支出的主要用途和測算理由等進行說明。
第二十三條 項目實行兩輪申報的，預申報環節時，項目申報單位提出所需資金預算總額；正式申報環節時，專業機構綜合考慮重點專項概算、項目任務設置、預申報情況以及專家建議等，組織指導項目申報單位編報預算。
項目實行一輪申報的，按照正式申報環節要求組織編報預算。
第二十四條 項目申報單位應當按照政策相符性、目標相關性和經濟合理性原則，科學、合理、真實地編制預算，對設備費、業務費、勞務費預算應當據實編制，不得簡單按比例編制。
對儀器設備購置、參與單位資質及擬外撥資金進行重點說明，并申明現有的實施條件和從單位外部可能獲得的共享服務。直接費用中除50萬元以上的設備費外，其他費用只提供基本測算說明，不需要提供明細。
第二十五條 結合承擔單位信用情況，間接費用實行總額控制，按照不超過課題直接費用扣除設備購置費后的一定比例核定。具體比例如下：
（一）500萬元及以下部分為30%；
（二）超過500萬元至1000萬元的部分為25%；
（三）超過1000萬元以上的部分為20%。
第二十六條 間接費用由承擔單位統籌安排使用。承擔單位應當建立健全間接費用的內部管理辦法，公開透明、合規合理使用間接費用，處理好分攤間接成本和對科研人員激勵的關系?？冃еС霭才艖斉c科研人員在項目工作中的實際貢獻掛鉤。承擔單位可將間接費用全部用于績效支出，并向創新績效突出的團隊和個人傾斜。
課題中有多個單位的，間接費用在總額范圍內由課題承擔單位與參與單位協商分配。承擔單位不得在核定的間接費用以外，再以任何名義在項目資金中重復提取、列支相關費用。
第二十七條 專業機構合并項目評審和預算評審，在項目評審時同步開展預算評審，不得將預算編制細致程度作為評審預算的因素，不得簡單按比例核減預算。
第二十八條 預算評審應當按照規范的程序和要求，堅持獨立、客觀、公正、科學的原則，對項目以及課題申報預算的政策相符性、目標相關性和經濟合理性進行評審。評審專家應當滿足相關回避要求。
第二十九條 主責單位負責批復項目立項和預算，并組織專業機構與項目承擔單位簽訂項目任務書（含預算）。項目立項后，專業機構應當按任務書約定、項目實施進展和任務完成情況及時向項目承擔單位撥款。
項目任務書（含預算）是項目和課題預算執行、綜合績效評價和監督檢查的依據，應當以項目申報書和評審結果為基礎，突出績效管理，明確項目考核目標、考核指標及考核方法，明晰各方責權，明確課題承擔單位和參與單位的資金額度，包括其他來源資金和其他配套條件等。
第三十條 重點研發計劃可根據項目特點，采取經費包干制管理方式，由主責單位在項目申報指南中明確。
實行經費包干制的項目，項目申報單位應當本著科學、合理、規范、有效的原則申請資助額度，無需編制具體項目預算。
項目負責人在承諾遵守科研倫理道德和作風學風誠信要求、資金全部用于與本項目研究工作相關支出的基礎上，自主決定經費使用，按照本辦法第二十條規定的開支范圍列支，無需履行調劑程序。對于承擔單位為項目研究提供的房屋占用，日常水、電、氣、暖等消耗，有關管理費用的補助支出，由承擔單位根據實際管理需要，在充分征求項目負責人意見基礎上合理確定。對于激勵科研人員的績效支出，根據實際科研需要和相關薪酬標準自主確定。項目執行期滿后，項目負責人應當編制項目資金決算，經承擔單位審核后報專業機構。
承擔單位應當制定內部管理規定，對包干制項目經費使用范圍和標準、相關主體經費管理使用責任、違規行為懲戒措施等進行規定。
第五章 項目預算執行與調劑
第三十一條 專業機構應當按照國庫集中支付制度規定，根據不同類型科研項目特點、研究進度、資金需求等，合理制定經費撥付計劃，在項目任務書簽訂后30日內，向項目承擔單位撥付首筆項目資金。首筆資金撥付比例充分尊重項目負責人意見，結合重點專項年度預算情況確定。
第三十二條 項目承擔單位應當根據項目負責人意見，及時向課題承擔單位撥付資金。課題承擔單位應當按照研究進度，及時向課題參與單位撥付資金。課題參與單位不得再向外轉撥資金。
逐級撥付資金時，項目承擔單位或課題承擔單位不得無故拖延資金撥付，對于出現上述情況的單位，專業機構可采取約談、暫停項目后續撥款等措施。
第三十三條 承擔單位應當嚴格執行國家有關財經法規、財務制度和內部控制制度，切實履行科研項目資金管理法人主體責任，正確行使項目資金管理使用自主權，建立健全項目資金內部管理制度和報銷規定，明確內部管理權限和審批程序，完善內控機制建設，強化資金使用績效評價，提高財務信息化水平，確保資金使用安全規范有效。項目資金使用中屬于政府采購范圍的，應當按照政府采購法律制度規定執行。
第三十四條 承擔單位應當全面落實科研財務助理制度。每個課題應當配有相對固定的科研財務助理?？蒲胸攧罩硭枞肆Τ杀举M用（含社會保險補助、住房公積金），可由承擔單位根據情況通過科研項目經費等渠道統籌解決。
科研財務助理應當熟悉重點研發計劃項目和資金管理政策，以及承擔單位科研管理制度，為科研人員編制和調劑項目預算、報銷經費、開展項目綜合績效評價等提供專業化服務。
第三十五條 承擔單位應當將重點研發計劃項目資金納入單位財務統一管理，對中央財政資金和其他來源資金分別單獨核算，確保?？顚Ｓ谩０凑粘兄Z保證其他來源資金及時足額到位，并用于本項目支出。
第三十六條 承擔單位應當建立完善信息公開制度，在單位內部公開項目立項、主要研究人員、資金使用（重點是間接費用、績效支出、外撥資金、結余資金使用等）、大型儀器設備購置以及項目研究成果等情況，接受內部監督。對于涉密項目，按照保密管理有關規定執行。
第三十七條 承擔單位應當嚴格執行國家有關支出管理制度。對應當實行公務卡結算的支出，按照中央財政科研項目使用公務卡結算的有關規定執行。對于設備、大宗材料、測試化驗加工、勞務、專家咨詢等費用，原則上應當通過銀行轉賬方式結算。
第三十八條 在項目實施過程中，承擔單位因科研活動實際需要，邀請國內外專家、學者和有關人員參加由其主辦的會議等，對確需負擔的城市間交通費、國際旅費，可在會議費等費用中報銷。對國內差旅費中的伙食補助費、市內交通費和難以取得發票的住宿費可實行包干制。對野外考察、心理測試等科研活動中無法取得發票或者財政性票據的，在確保真實性的前提下，可按實際發生額予以報銷。
第三十九條 重點研發計劃項目資金管理使用不得存在以下行為：
（一）編報虛假預算；
（二）未對重點研發計劃資金進行單獨核算；
（三）列支與本項目任務無關的支出；
（四）未按規定執行和調劑預算、違反規定轉撥重點研發計劃資金；
（五）虛假承諾其他來源資金；
（六）通過虛假合同、虛假票據、虛構事項、虛報人員等弄虛作假，轉移、套取、報銷重點研發計劃資金；
（七）截留、擠占、挪用重點研發計劃資金；
（八）設置賬外賬、隨意調賬變動支出、隨意修改記賬憑證、提供虛假財務會計資料等；
（九）使用項目資金列支應當由個人負擔的有關費用和支付各種罰款、捐款、贊助、投資，償還債務等；
（十）其他違反國家財經紀律的行為。
第四十條 項目在研期間，年度剩余資金結轉下一年度繼續使用。
中央財政資金預算確有必要調劑時，應當按照以下調劑范圍和權限，履行相關程序：
（一）項目預算總額調劑，由項目承擔單位向專業機構提出申請，專業機構審核評估并報主責單位同意后，按有關規定批準。
（二）項目預算總額不變、課題間預算調劑，變更課題承擔單位、課題參與單位，由項目承擔單位或課題承擔單位逐級向專業機構提出申請，專業機構審核評估后，按有關規定批準。
（三）課題預算總額不變、課題參與單位之間預算調劑的,由項目承擔單位審批，報專業機構備案；課題預算總額不變、設備費預算調劑的，由課題負責人或參與單位的研究任務負責人提出申請，所在單位統籌考慮現有設備配置情況和科研項目實際需求，及時辦理審批手續。
（四）除設備費外的其他直接費用調劑，由課題負責人或參與單位的研究任務負責人根據科研活動實際需要自主安排。承擔單位應當按照國家有關規定完善內部管理制度。
（五）課題間接費用預算總額不得調增，經課題承擔單位與課題負責人協商一致后，可調減用于直接費用；課題間接費用總額不變、課題參與單位之間調劑的，由課題承擔單位與參與單位協商確定。
對于項目其他來源資金總額不變、不同單位之間調劑的，由項目承擔單位自行審批實施，報專業機構備案。
第四十一條 項目承擔單位應當按規定于每年11月底前將匯總審核后的項目年度執行情況報告（含財務執行情況）報送專業機構。報告內容應當真實、完整，賬表一致，并及時報告發生的重大財務事件或影響項目正常執行預算的情況。項目執行不足3個月的，可在下年度一并上報。
第四十二條 項目實施過程中，行政事業單位使用中央財政資金形成的資產屬于國有資產，應當按照國家有關國有資產管理的規定執行。企業使用中央財政資金形成的資產，按照企業財務與資產管理相關規章制度執行。
承擔單位使用中央財政資金形成的知識產權等無形資產的管理，按照國家有關規定執行。
使用中央財政資金形成的大型科學儀器設備、科學數據、自然科技資源等，按照規定開放共享。
第四十三條 項目或課題因故撤銷或終止，項目承擔單位或課題承擔單位應當及時清理賬目與資產，編制財務報告及資產清單，報送專業機構。專業機構組織清查處理，確認并回收結余資金，按要求統籌用于重點研發計劃后續項目支出；實施期結束的，按原渠道退回。已購物資、材料及儀器設備處置收入，按照國家有關規定執行。
第六章 項目綜合績效評價
第四十四條 項目執行期滿后，項目承擔單位應當及時組織課題承擔單位清理賬目與資產，如實編制課題資金決算。
第四十五條 主責單位組織專業機構嚴格依據項目任務書（含預算），在項目執行期滿6個月內進行綜合績效評價。
第四十六條 項目實施期滿后，課題承擔單位應當聘請會計師事務所，開展結題財務審計。結題財務審計報告是項目綜合績效評價的重要依據。涉密課題另有規定的，按照有關規定執行。
創新能力和潛力突出、創新績效顯著、科研誠信狀況良好的承擔單位按程序認定后，可不再開展結題財務審計，其出具的項目資金決算報表，作為項目綜合績效評價的依據。承擔單位對決算報表內容的真實性、完整性、準確性負責，專業機構適時組織抽查。
第四十七條 項目承擔單位組織課題承擔單位完成項目綜合績效評價材料的準備工作后，向專業機構提出申請。
第四十八條 項目綜合績效評價應當核定各課題的中央財政資金結余，由主責單位下達項目綜合績效評價結論。其中，資金使用出現嚴重違法違規問題的，給予取消項目評優資格、收回項目或課題資金、項目綜合績效評價不予通過等處理。
中央財政結余資金占中央財政預算比例超過30%的項目（課題），承擔單位應當說明結余資金產生原因。主責單位在重點專項年度執行情況報告、中期執行情況報告、總結報告中進行專門披露分析，對承擔單位用好結余資金進行跟蹤指導?？萍疾?、財政部對科研項目結余資金規模大、沉淀時間長的承擔單位，給予針對性指導，盤活存量資金，提高資金使用效益。
第四十九條 課題承擔單位應當在項目綜合績效評價完成后一個月內及時辦理財務結賬手續。
課題完成任務目標并通過項目綜合績效評價的，結余資金留歸承擔單位使用，統籌用于科研活動直接支出。承擔單位應當優先考慮原項目團隊科研需求，對原項目團隊兩年內仍未使用完的結余資金，承擔單位應當加大結余資金盤活力度，在單位內部統籌使用。承擔單位應當加強結余資金管理，健全盤活機制，加快使用進度，在國家科技管理信息系統中按年度報送結余資金使用情況。
課題未完成任務目標，或項目未通過綜合績效評價的，結余資金由專業機構收回，按要求統籌用于重點研發計劃后續項目支出。
第七章 監督檢查
第五十條 科技部、財政部、主責單位和專業機構應當根據職責和分工，建立健全覆蓋資金管理使用全過程的資金監督管理機制，并將監督結果作為總體驗收評價、綜合績效評價、資金撥付等工作的重要參考。
加強審計監督、財會監督與日常監督的貫通協調，增強監督合力。加強信息共享，避免交叉重復，減輕科研人員負擔。
第五十一條 科技部、財政部應當加強重點研發計劃資金監督，運用國家科技管理信息系統等信息技術手段，采取專項督查、隨機抽查、舉報核查等方式，對資金管理使用情況以及主責單位、專業機構、承擔單位等落實重點研發計劃資金管理有關要求履職盡責情況進行監督，并將資金管理使用情況納入關鍵節點考核、總體驗收評價等工作。
第五十二條 主責單位對相關重點專項資金管理使用開展監督，對專業機構、承擔單位資金管理工作進行監督，將資金管理和監督情況納入重點專項年度執行情況報告、中期執行情況報告和項目綜合績效評價等工作。
專業機構對承擔單位項目資金管理使用開展日常監督，動態監管承擔單位資金管理使用情況，對監督中發現問題較多的承擔單位，采取警示、指導和培訓等方式，加強對承擔單位的事前風險預警和防控，督促落實整改要求。
第五十三條 承擔單位應當按照本辦法和國家相關財經法規及財務管理規定，完善監督制約機制，動態監管資金使用并實時預警提醒，加強支撐服務條件建設，提高對科研人員的服務水平，建立常態化的自查自糾機制，確保項目資金安全。
項目承擔單位應當加強對課題承擔單位和參與單位的指導和監督，積極配合有關部門和機構的監督檢查工作。
第五十四條 承擔單位、項目負責人、課題負責人等出現第三十九條有關情形的，主責單位、專業機構等依照有關規定，視情況輕重采取責令整改、約談、通報批評、暫停項目撥款、終止項目執行、收回項目結余資金、追回已撥資金、階段性或永久限制項目承擔者項目申報資格等措施，并將有關結果向社會公開。涉嫌犯罪的，移送有關機關處理。
第五十五條 財政部、科技部、相關主管部門、主責單位、專業機構及其相關工作人員，以及會計師事務所、咨詢評審專家等主體在重點研發計劃資金管理中，存在違反規定安排資金或其他濫用職權、玩忽職守、徇私舞弊等違法違規行為的，依法責令改正，對負有責任的領導人員和直接責任人員依法給予處分；涉嫌犯罪的，依法移送有關機關處理。
第五十六條 經本辦法第五十四條、第五十五條規定作出正式處理，存在違法違規且造成嚴重后果或惡劣影響的責任主體，依法依規對其嚴重失信行為實行追責和懲戒，納入信用記錄管理，并共享至全國信用信息共享平臺。
第八章 附則
第五十七條 管理要求另有規定的重點專項按有關規定執行。本辦法由財政部、科技部負責解釋。
第五十八條 本辦法自發布之日起施行。《國家重點研發計劃資金管理辦法》（財科教〔2016〕113號）、《國家重點研發計劃資金管理辦法》（財教〔2021〕178號）同時廢止。
